目前播種主要分為三種：撒播、條播、機播。
撒播：撒播的應用最為廣泛，首先將田地整理成畦后，平整畦面，將揉碎的菌種按照所需的菌種量直接撒播在畦面上，之后覆土3-5cm。覆土可以用釘耙將菌種與廂面上的土層抖混，也可以用翻土機將溝內的土翻撒至畦面。
條播：條播也是近年來應用較多的播種方式，具有爆發性出菇的特點。具體做法是在畦面上開具20-30cm間距的小溝，溝深5-10cm，將揉碎的菌種撒之溝內，之后用鐵耙子將廂面上的土回填溝槽。
機播：目前已有廠家生產出羊肚菌播種機，與小麥的播種方式類似，可實現播種覆土一次完成，效率更高。
播種后原則上應避免菌種裸露在空氣中，但部分地區的土質沙性嚴重，過于松散，不利于菌絲生長，可適當在畦面保留一部分菌種，不超過種植量的20%。
